2019年10月1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领(lǐng)域取得(dé)重要进展(zhǎn)。2型糖尿病(T2D)的血管(guǎn)并(bìng)发症是导致2型(xíng)糖尿病致残致死的重要(yào)病(bìng)因,一直缺乏一种无(wú)创便(biàn)捷(jié)的临床途径(jìng)实(shí)现血管并发(fā)症(zhèng)的发(fā)生发展监测,达到早发现(xiàn)、早(zǎo)干预,以提高T2D病人的(de)整体生活(huó)质(zhì)量,减少卫生经济负担。
该研究入组了62例2型(xíng)糖尿病病人,采用(yòng)5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观(guān)遗传标志物5hmC的分布情况进行检测,分析5hmC标志物与2型糖尿病血管并发症发(fā)生发展的相关性(xìng)。结果表明5hmC标(biāo)志物的(de)变化与(yǔ)T2D合(hé)并大血(xuè)管/微血管事件具有相关性,主(zhǔ)要涉(shè)及一些与血管生物(wù)学和糖尿病(包(bāo)括胰岛素耐受和炎症反(fǎn)应)相关的(de)基(jī)因和信号(hào)通路(lù)。该研究建立的(de)16个(gè)基因-5hmC标志物(wù)组合检测可(kě)以准确区分有并发症和无并发(fā)症的(de)2型糖(táng)尿病病人[实验组(zǔ):AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明(míng)显优于传统临床变量例如白蛋(dàn)白(bái)尿。除此(cǐ)之外,还建立(lì)了13个(gè)基(jī)因(yīn)-5hmC标(biāo)志物(wù)组合检(jiǎn)测(cè),可以(yǐ)进一(yī)步(bù)区分T2D合并(bìng)单(dān)一并发症(zhèng)和多(duō)种(zhǒng)并发症(zhèng)[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他传统临床变量。该研(yán)究得(dé)出结(jié)论,5hmC标志物反映(yìng)了(le)T2D病人大血管/微血管并发症发生过程中的(de)表观遗传(chuán)变化,因而5hmC-Seal检(jiǎn)测(cè)技术在监测糖尿(niào)病血管并发症发生和进展方面具(jù)有良(liáng)好的临(lín)床应用前景。
试验设计
本研究共(gòng)纳入62例(lì)2型(xíng)糖尿病病人,包括没有血管并发症的病人12例,有(yǒu)单(dān)一血(xuè)管并发症的(de)病人34例(24例(lì)发生大血管事件,10例发生微血管(guǎn)事件),以及(jí)有多种血(xuè)管并发症的病人16例。试验收集62例病人(rén)血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技(jì)术捕获外周血cfDNA中(zhōng)的5hmC序列,进行二代(dài)测序,通过生物信息学分析(xī)找(zhǎo)出并发症组与无并发症组之间有显著5hmC修(xiū)饰差异(yì)的基因(yīn),单(dān)一(yī)并发症组和多种并发症组之(zhī)间有显著5hmC修饰差(chà)异(yì)的基因。随后利(lì)用回归模型对差异基(jī)因进一步筛选、优化,弹性网络进一步(bù)筛选(xuǎn),计算(suàn)加权平均分,最后得到一组具(jù)有高度灵(líng)敏度和特异性的5hmC生物标记物,并进一步在(zài)实(shí)验组中验证,分析(xī)其灵敏(mǐn)度和特(tè)异(yì)性。并将新建立(lì)的5hmC标志(zhì)物基因组合的检测性(xìng)能与传统临床变量进(jìn)行对比(bǐ)分析。最(zuì)后对相关基因进行了信号通(tōng)路分析和功能探究。
5hmC修饰水平与血管并发症(zhèng)具有相关(guān)性
利用(yòng)逻(luó)辑回归模型对62例有(yǒu)并发症(zhèng)和无并发症(zhèng)2型糖尿病病(bìng)人的5hmC差异水(shuǐ)平(píng)进行分析发现,有并发症2型糖尿病病人的(de)622个差异修饰候(hòu)选基因(包括(kuò)上调和下调基因)的(de)归一化平均数要明显高于无并发(fā)症的病人(P<0.001),但是单一并发症(zhèng)和多发并发症病人(rén)之间没有(yǒu)显著差(chà)异。
之后将(jiāng)有单一并(bìng)发症或多种并发症的50例病(bìng)人用逻辑回归模(mó)型进(jìn)行(háng)了对比,发现多种并发症的病人的153个差异修饰候选(xuǎn)基因(包(bāo)括上调和下调基因)的归一(yī)化平均数要低于无并(bìng)发症病(bìng)人(rén)(P<0.001)。
5hmC标志(zhì)物(wù)可区分有(yǒu)无并发症患者
62例2型糖尿病病人被随机分成训练组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性(xìng)网络筛选后发(fā)现,16基因-5hmC标志物组合(hé)检(jiǎn)测(cè)可(kě)以(yǐ)用于区分有并(bìng)发症和无并发(fā)症的2型糖尿病病(bìng)人(rén)。
基于16基因(yīn)组合模型 (Detection Model 1) 的(de)加权平均分分析(xī),发现无(wú)并发症病(bìng)人的分数在训(xùn)练集和测试集中都明显低于有(yǒu)并发症的病(bìng)人。只考虑加权平均分的话,受试者工作特(tè)征曲(qǔ)线(xiàn)(ROC)分析表明将cutoff值设置成0.5时,在(zài)测试组中中的灵敏度为60%,特异性为100%。 5hmC标志物可区分病人是单一并发症还是多种并(bìng)发症 50例有并发症的2型糖尿病病人(rén)被随机分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性网(wǎng)络筛选(xuǎn)后发现(xiàn),13基因-5hmC标志物组合可以区分(fèn)2型糖尿病病人是否发生单一并发症或多种(zhǒng)并发症。 基于(yú)13基因(yīn)组合模(mó)型(xíng) (Detection Model 2), 我们(men)计算了单一并发症和多种并发(fā)症的加权平均分,发现在(zài)训练集和(hé)测试(shì)集中单一并发症和多种并发症病人(rén)的(de)分数都有明显差异。值得一提(tí)的(de)是,有肾病并发症和无肾病并发症病人的分数也有明(míng)显差异。利用加权(quán)平(píng)均分作为(wéi)判断标(biāo)准的受试者(zhě)工作特征曲(qǔ)线(xiàn)(ROC)表明,在测试(shì)组中当将cutoff值设成(chéng)0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标(biāo)志物与(yǔ)传统临床(chuáng)变量/危险因(yīn)子的对比(bǐ) 我们评(píng)估了不同临床(chuáng)变量/危险因子用于(yú)监测血管并发症的灵敏度和特(tè)异(yì)性(见表1)。
总体来说,结果(guǒ)表明一些临床变量(如尿液白蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有一定的灵敏度和特异性,但是整体准确度仍然差强(qiáng)人意(yì),因此临床需(xū)要更加准(zhǔn)确的方法(fǎ)。另外,我们还在训练组(zǔ)中建(jiàn)立5hmC和不同临床变量的多变量(liàng)组合模型进(jìn)行评估,该(gāi)模型加权平均分的AUC要明显大(dà)于传统临床变量的AUC。若将(jiāng)这些临床变量与加权平均分进行结合,AUC也将进一步提高(gāo)。因此,该多变量(liàng)模(mó)型表明加权(quán)平均分可作为(wéi)一个独立的指标(biāo)用于监测2型糖尿病血(xuè)管并发症。
信号通路分析和功能探究 有并发症和(hé)无并发症病(bìng)人的135个差(chà)异候选基因的功能注(zhù)释分析表明,这些基因(yīn)主要(yào)富集(jí)在一些经(jīng)典的信号(hào)通路。错误发现率相关(guān)P值位(wèi)于前10%和基因数目≥3的(de)信号(hào)通路包括由IGF1R, IL-10和(hé)FGFR2所介导的信号通(tōng)路。由IGF1R和IL-10介导的信(xìn)号通路与胰岛素抵抗及炎(yán)症(zhèng)反应相关,在血管生物学和糖尿病(bìng)发(fā)生发展(zhǎn)过程中发挥重要作用。 Reactome相互(hù)作用(yòng)网络的中(zhōng)心表明,泛素编码(mǎ)基(jī)因(yīn)[泛(fàn)素B (UBB),泛素C (UBC),泛(fàn)素A-52亚基核糖体蛋(dàn)白融合产物1(UBA52)]是(shì)候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要(yào)连接(jiē)者。在这135个差异(yì)候选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相关的倾向,表(biǎo)明5hmC和糖尿病血(xuè)管(guǎn)并发症之间可能存在时间(jiān)依赖性的(de)相互(hù)作(zuò)用。基于纵向时间队列的大样本研究,将可进(jìn)一(yī)步(bù)明确(què)5hmC变(biàn)化和糖(táng)尿病持续时间(jiān)之间的动态关联。关(guān)于单一(yī)并(bìng)发症和多种并发症病人的159个候选标(biāo)志(zhì)基因(yīn)的功能注释研究(jiū)发现,存在细胞-细胞(bāo)连接(jiē)、胶原(yuán)蛋白形成、新(xīn)陈代谢、细胞应激应答信号通(tōng)路(lù)的富集(jí),这(zhè)些信号通路均与细胞基(jī)本功能(néng)密切相关。 研究意义 血管(guǎn)并发症是三分(fèn)之二糖(táng)尿(niào)病(bìng)病人的死亡原因,若能及早有效控制血管并发(fā)症的发生,将极大地改善(shàn)糖尿病病人(rén)的生存(cún)质量。该研究(jiū)建立了(le)一种利(lì)用cfDNA进行2型(xíng)糖尿(niào)病血(xuè)管并发症监(jiān)测的无创便捷方法,较目前临床标志物能更准确地监控血管并发(fā)症的发(fā)生,从(cóng)而提示临床及(jí)早采(cǎi)取应对措施,有(yǒu)效控制病情(qíng)进展。
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